Церковь св. апостола и евангелиста Иоанна Богослова спроектирована как главное здание комплекса, включающего также церковный дом (гостиница и трапезная) и дом священника.
В основе композиции храма лежит симметричная трёхчастная структура плана (притвор с колокольней, храм, алтарь) с развитием по оси запад-восток. Бесстолпный одноапсидный крестово-купольный храм с восьмискатным покрытием увенчан одной луковичной главой. Его архитектура, лаконичная и простая, тяготеет к новгородским образцам XIII в. При этом расположенная над западным входом шатровая колокольня с главкой повторяет почти канонический приём XVII в., придавая архитектуре храма собирательный характер.
Современные технологии обусловили более строгую, в сравнении с новгородскими прототипами, геометрию форм и зеркальную симметричность скупого декора. Выраженное удлинение пропорций основного четверика, с одной стороны, и камерный масштаб колокольни — с другой — направлены на придание общей компактности двухчастной композиции, воспринимаемой как единое устойчивое целое.
Церковь рассчитана на 270 человек; на первом этаже размещены тамбур, притвор, молельный зал, солея и алтарь. Напротив алтаря, на отметке 5,70 м., устроены хоры для певчих. Под алтарем храма первого этажа находится крестильня. В цоколе располагаются также трапезная, библиотека с лекционным залом и служебные помещения.
В интерьере алтаря, молельного зала и крестильни предполагается фресковая роспись в новгородском стиле и напольная мозаика из шлифованного природного камня. Высокий деревянный иконостас отсылает к московским прототипам XV—XVI вв.
В экстерьере также преобладают натуральные материалы: несущие кирпичные стены и внутренние кирпичные своды оштукатурены, кровля покрыта медью, цоколь и крыльца облицованы гранитом. Входные двери выполнены из дуба, индивидуальные оконные стеклопакеты также деревянные.
Западный фасад над входом украшает барельеф св. Иоанна Богослова, выполненный в академической манере скульптором Ильей Литвиновым. Того же авторства барельеф, изображающий процветший крест, расположен в нише алтарной апсиды.
Достаточно ясная ориентация на исторические прототипы сочетается в проекте с определенной свободой трактовки, в которой строгая историческая стилизация уступает место поиску обобщенного образа русского православного храма.